通関業務に携わる方々にとって必須の知識である通関業法基本通達について解説します。通関手続の範囲や業として行う場合の定義など、実務に直結する内容を網羅的に解説していますが、あなたは通関業法基本通達の最新の改正内容をご存知ですか？
特定原産地証明書と原産地証明書の違いと正しい使い方
特定原産地証明書と一般原産地証明書、名前は似ていますが目的も発給機関もまったく異なります。間違えると関税優遇を受けられず損をすることも。正しく使い分けるポイントを解説します。
通関士ガイド
特定原産地証明書と原産地証明書の違いと活用法
一般原産地証明書を提出しても、EPA税率は1円も下がりません。
特定原産地証明書とは何か｜一般との根本的な違い
「原産地証明書」という言葉は1つのように聞こえますが、実際には大きく2種類に分かれています。それが「一般原産地証明書（非特恵原産地証明書）」と「特定原産地証明書（特恵原産地証明書）」です。
一般原産地証明書は、貨物の「国籍」を証明するための書類です。輸入国の法律・規則に基づく要請があるとき、または信用状（L/C）や契約書で要求された際に使われます。簡単に言えば、「この商品は日本で作りましたよ」という事実を第三者が証明してくれる書類です。世界中のほぼすべての国向けに使えます。
一方、特定原産地証明書はまったく別の目的で使います。つまりEPA（経済連携協定）に基づいて、輸入国税関でEPA税率（通常より低い優遇関税率）を適用してもらうための証明書です。EPA税率が適用されれば、輸入者が支払う関税が大幅に下がるため、取引コスト全体が圧縮されます。これは使えそうです。
| 項目 | 一般原産地証明書 | 特定原産地証明書 |
|------|----------------|----------------|
| 別名 | 非特恵原産地証明書 | 特恵原産地証明書・EPA原産地証明書 |
| 目的 | 貨物の原産国（国籍）の証明 | EPA税率（優遇関税）適用のための証明 |
| 対象国 | 世界全国 | 日本がEPAを締結している国・地域のみ |
| 発給機関（日本） | 各地の商工会議所 | 日本商工会議所（第一種）または認定輸出者（第二種） |
| 関税優遇効果 | なし | あり（EPA税率の適用が受けられる） |
両者はどちらも「原産地証明書」という名前がついているにもかかわらず、その役割はまったく異なります。一般原産地証明書が関税面の優遇を生まないことを知らずに提出してしまうと、本来なら受けられたEPA税率の恩恵をゼロにしてしまいます。違いを正確に理解しておくことが基本です。
参考：JETROによる原産地証明書の種類の解説（非特恵・特恵・特定の分類を網羅）
JETRO「原産地証明書の種類」Q&A
特定原産地証明書の発給機関と手続き｜一般との大きな差
一般原産地証明書と特定原産地証明書では、取得先と手続きの複雑さが大きく異なります。この差を知らないまま進めると、時間ロスが発生します。
一般原産地証明書は、全国各地の商工会議所窓口で申請できます。商工会議所に貿易登録（会員なら無料、非会員は数千円〜）を済ませておけば、申請書類と商業インボイスを準備して窓口に持参するだけで、午前申請なら当日午後には受け取れます。発給手数料は会員で1件1,100円程度です（各商工会議所により異なる）。手続きがシンプルで即日対応できるのが特徴ですね。
一方、特定原産地証明書（第一種）の取得先は日本商工会議所に限定されています。各地の商工会議所では原則として発行できません。例外として、日シンガポールEPAにおける特定原産地証明書だけは各地の商工会議所が発給しています。これは意外ですね。
取得の手順も複雑で、大まかに以下のステップを踏む必要があります。
- 📌 企業登録：日本商工会議所に企業登録（登録費は無料、有効期限2年）
- 📌 HSコード確認：輸出産品の関税分類番号（HSコード）を特定する
- 📌 EPA税率・原産地規則の確認：JETROや日本商工会議所のサイトで対象協定の税率と品目別原産地規則を確認する
- 📌 原産品判定依頼：産品がEPA原産地規則を満たすかを日本商工会議所に審査・判定してもらう
- 📌 発給申請：原産品判定結果に基づき、オンライン申請。受理から審査結果まで最短2営業日、初回取得の場合は12営業日以上かかることもある
- 📌 証明書の受領と手数料の支払い：基本料2,000円＋記載産品数×500円（加算額）
初めて特定原産地証明書を取得する場合、12営業日以上かかることがあります。船積みスケジュールから逆算して、余裕をもって準備を始めることが条件です。急いで準備を始めると、実際の船積みに間に合わないケースが出てきます。
参考：経済産業省による手続きの詳細Q&A（原産品判定・発給申請・有効期限などを網羅）
経済産業省「よくある質問（Q&A）特定原産地証明書」
特定原産地証明書が必要になるケース｜EPA対象国と原産地規則
特定原産地証明書が活躍するのは、日本がEPAを締結している国・地域に産品を輸出するケースです。2023年1月時点では、メキシコ・マレーシア・チリ・タイ・インドネシア・ブルネイ・フィリピン・スイス・ベトナム・インド・ペルー・オーストラリア・モンゴルの13か国と、ASEANの10か国、RCEPの12か国が対象となっています。
ただし、EPA対象国に輸出するだけで自動的にEPA税率が適用されるわけではありません。対象となるのは、①日本との間で締結されたEPAに基づく特恵税率の対象品目であること、②各EPAの品目別原産地規則（PSR）を満たす「特定原産品」と認められることの2つが条件です。
原産地規則には主に以下の3種類があります。
- 🔹 完全生産品基準：その国だけで完全に生産・採取された産品（例：日本の農産物など）
- 🔹 関税分類変更基準（CTCルール）：外国産の素材を使って生産した場合でも、HSコード（関税分類番号）が4桁レベルで変わるほどの加工を行った産品
- 🔹 付加価値基準（VAルール）：産品の製造工程で形成された原産性のある価値が一定割合を超えている産品
品目ごとにどの基準が適用されるかは協定・品目によって異なります。製造工程が複雑で多くの輸入材料を使っている産品では、付加価値基準の計算に相当の時間と書類準備が必要になる場合があります。自社製品がどの基準に当てはまるか、HSコードとあわせて事前にJETROや日本商工会議所のポータルサイトで確認しておくことをお勧めします。
原産地規則の確認に便利なJETROの関税率データベースも、実務で活用できます。
見落としがちな落とし穴｜TPP・日EU協定では第一種が使えない
多くの人が見落としやすいのが、「すべてのEPA協定で第一種特定原産地証明書が使えるわけではない」という点です。これは大きなデメリットにつながります。
CPTPP（TPP11）・日EU・EPA・日英EPAの3つの協定では、自己申告制度のみが採用されています。つまり、商工会議所が発給する第一種特定原産地証明書を取得しても、これらの協定ではEPA税率の適用申請に使うことができません。経済産業省もQ&Aで明確に「CPTPPや日EU協定では第一種特定原産地証明書を利用することはできません」と記載しています。
この3協定でEPA税率の適用を受けるためには、「自己申告制度」を使います。具体的には、輸出者・生産者・輸入者が自ら「原産品申告書」を作成して提出する形となります。第三者機関のお墨付きがないぶん、自社で原産性を証明する書類管理が求められます。
| 協定 | 第一種特定原産地証明書 | 自己申告 |
|---|---|---|
| 日タイ・日ベトナム・日ASEAN等 | ✅ 使える | ❌ 使えない |
| RCEP・日スイス・日メキシコ・日ペルー | ✅ 使える（第二種も可） | ✅ 認定輸出者は使える |
| CPTPP（TPP11）・日EU・日英EPA | ❌ 使えない | ✅ 使える（唯一の手段） |
EUや英国、カナダ・オーストラリアなどへの輸出を行うビジネスパーソンにとって、「特定原産地証明書を取得すれば大丈夫」という思い込みは非常に危険です。協定ごとに使える手続きが異なるという事実は、実務に直結する知識です。
参考：大阪商工会議所による協定別の証明方法の整理
大阪商工会議所「特定原産地証明書について」
特定原産地証明書の有効期限と注意事項｜実務で知っておくべきこと
特定原産地証明書を取得しても、それで終わりではありません。実務上、いくつか知っておくべき重要なルールがあります。
まず、有効期限に注意が必要です。特定原産地証明書の有効期限は発給日から原則1年間ですが、日フィリピンEPAだけは例外で発給から6か月です。有効期限を過ぎた証明書を輸入国税関に提出しても、EPA税率の適用は受けられません。また、証明書は輸出のたびに1件ずつ発給が必要です。同じ産品を同じ国に複数回輸出する場合でも、毎回発給申請を行う必要があります。有効期限には注意が必要です。
次に、証明書の記載内容の誤りも実務上のリスクになります。産品名・HSコード・船名・数量などに誤りがあると、通関が滞るだけでなく、関税優遇が否認されるケースもあります。再発給は可能ですが、再発給には新規発給手数料と同額の費用がかかります。
また、船積み後でも「遡及発給」という事後取得の手続きが可能な場合があります。例えば日ASEAN EPAでは船積み後12か月まで遡及発給が認められています。ただし関税還付制度がない国への輸出では、遡及発給で証明書を取得しても関税の払い戻しを受けられない場合があるため、事前申請が原則です。
さらに、認定輸出者制度も知っておく価値があります。RCEP・日スイス・日メキシコ・日ペルーの4協定では、経済産業大臣から「認定輸出者」として認定を受ければ、自ら第二種特定原産地証明書を作成できます。毎回商工会議所に申請する手間が省けるため、輸出頻度が高い企業にとっては大きなコスト・時間の節約になります。これは使えそうです。
参考：日本商工会議所による特定原産地証明書の発給事業全般の解説
日本商工会議所「EPAに基づく特定原産地証明書発給事業」