事前確認制度 国税庁が認めた算定方法で移転価格リスクを回避

事前確認制度と国税庁のAPA手続きを正しく理解する

APA（事前確認）を取得していても、関税評価額が覆ることがあります。

事前確認制度（APA）の基本概要と国税庁の役割

移転価格税制は、国外の関連会社との取引で独立企業間価格とは異なる価格設定が行われ、その結果として国内所得が過少になった場合に所得を再計算して課税する制度です。たとえば、日本の親会社が税率の低い海外子会社に安く製品を販売すれば、グループ全体の税負担は下がりますが、日本の税収は減ります。移転価格税制は、こうした利益移転を防ぐために昭和61年（1986年）の税制改正で導入されました。

国税庁の事前確認制度（APA：Advance Pricing Arrangement）は、この移転価格税制に関連するリスクを事前に封じるための仕組みです。具体的には、企業が国外関連者との取引に用いる「独立企業間価格の算定方法およびその具体的内容」を、税務当局が事前に確認・合意します。確認を受けた内容に基づいて申告をしている限り、移転価格課税は行われません。これが原則です。

日本は1987年（昭和62年）に、この制度を世界で最初に導入した国です。その後、アメリカ（1991年）、カナダ（1994年）、オーストラリア（1995年）、韓国（1996年）、中国（1998年）と続き、現在では30か国以上が同制度を導入しています。世界の流れを先導したのが日本の国税庁というわけです。意外ですね。

通関業に従事する方にとって重要なのは、APAが「国税庁の制度」である点と、「税関の制度」である事前教示制度は別物という認識です。APAは移転価格（つまり法人税・所得税の問題）を扱い、事前教示は関税分類・関税評価（関税法の問題）を扱います。両者は目的も根拠法令も異なります。業務上この2つを混同すると、後で述べる深刻なトラブルのもとになります。

事前確認の対象期間は、原則として3事業年度から5事業年度です。確認対象期間が終了した後も引き続き確認を受けたい場合は、更新の申出が必要になります。APA期間中は毎年「年次報告書」を所轄国税局に提出する義務があります。これは確認内容に適合した申告が行われているかを税務当局がチェックするためのもので、省略はできません。

参考リンク：国税庁公式ページ「移転価格税制に関する事前確認の申出及び事前相談について」に制度の全体像が掲載されています。

国税庁：移転価格税制に関する事前確認の申出及び事前相談について

事前確認の種類——ユニラテラルAPA・バイラテラルAPA・マルチラテラルAPA

APAには大きく分けて2つの類型があります。それぞれの特徴と選択基準を整理することが、通関業者として依頼企業にアドバイスするうえで欠かせない知識です。

ひとつ目は「相互協議を伴わない事前確認（ユニラテラルAPA）」です。日本の税務当局のみとの間で確認を行う方式で、相手国の税務当局との協議を必要としません。処理期間が比較的短く、書類作成の事務負担も軽減されます。ただし、相手国の税務当局から課税されるリスクが残るという点が最大のデメリットです。相手国の税率が低く、そもそも相手国から移転価格課税を受けるリスクが小さいと判断できる場合や、相手国と租税条約を締結していない場合には、ユニラテラルAPAが現実的な選択肢となります。

ふたつ目は「相互協議を伴う事前確認（バイラテラルAPA・マルチラテラルAPA）」です。日本の税務当局と相手国の税務当局が協議して合意に至る方式で、二重課税リスクを事前に完全に排除できる点が最大のメリットです。PATA（環太平洋税務長官会議：日本・米国・オーストラリア・カナダ）では、二国間APAの目標処理期限として「2年以内」を設定しています。しかし実際には、令和5事務年度の国税庁データによると、事前確認（相互協議含む）の1件当たりの平均処理期間は35.8か月（約3年）に達しています。OECD非加盟国との相互協議が絡む場合、これが63.5か月（約5年3か月）まで延びることもあります。

バイラテラルAPAは、事前確認の申出とは別に「相互協議申立書」の提出が必要です。両者を同時に提出するのが通例ですが、申立てを失念していると相互協議が開始されないリスクがあります。これは実務上の落とし穴のひとつです。

令和5事務年度（2023年7月〜2024年6月）の国税庁発表によると、相互協議に係る発生件数は212件で、そのうち事前確認に関するものが167件（全体の約79%）を占めています。相互協議全体の8割近くがAPAに紐づいているということです。これは、日本企業のグローバル展開が進むにつれて、APAの重要性がいかに高まっているかを如実に示しています。

種類	相互協議	二重課税排除	処理期間の目安
ユニラテラルAPA	なし	🔺 不完全	比較的短い
バイラテラルAPA	あり（2国間）	✅ 完全	平均35.8か月（国税庁データ）
マルチラテラルAPA	あり（多国間）	✅ 多国間で完全	最も長期化しやすい

参考リンク：令和5事務年度の相互協議状況に関する国税庁公式資料（PDF）です。申請件数・処理件数・平均処理期間などの最新データが確認できます。

国税庁：令和5事務年度の「相互協議の状況」について（PDF）

事前確認の申出から通知までの手続きフロー

APAの申出は、確認対象事業年度のうち最初の事業年度の開始日までに行うことが必要です。この期限は厳格で、郵送で提出する場合でも通信日付印の日付ではなく「到達日」が提出日となります。国税通則法第22条の郵送ルールは適用されないため、期限ギリギリの郵送は大きなリスクを伴います。締め切りは到達が原則です。

提出書類として最低限必要なものは以下の通りです。申出書本体のほかに、実態を把握するための資料を多数添付する必要があります。

• 📄 確認対象取引の内容・取引フロー・詳細を記載した資料




• 📊 独立企業間価格の算定方法および最も適切である旨の説明資料




• 🏢 確認申出法人および国外関連者の組織図・事業概要




• 💹 国外関連者との資本関係・実質的支配関係に関する資料




• 📁 過去3事業年度分の営業・経理状況を明らかにした資料




• 🔍 申出した算定方法を過去3事業年度の実績に適用した場合の結果




• 🌐 国外関連者の所在地国での移転価格調査・訴訟等の状況（該当する場合）

なお、申出に必要な資料に外国語で記載されたものが含まれる場合、日本語の翻訳文を添付することが求められます。翻訳は任意の質のものでよいわけではなく、審査に耐える実務的な精度が求められます。翻訳漏れがあると申出書の補正を求められ、審査着手が遅れる原因になります。

申出後の審査では、国税局の審査担当者が実際に会社や事業所に臨場し、説明を聞くプロセスが含まれます。追加資料の提出を求められることも日常的で、資料の提出期限は45日以内と定められています。この45日ルールは、期限を超えると事前確認を行うことが「適当でない」と判断されるリスクにつながるため、迅速な対応が求められます。45日以内が条件です。

事前確認の効果が確定したあとは、確認を受けた各事業年度ごとに年次報告書を提出しなければなりません。報告書では、確認内容に適合した申告が行われているかの説明、重要な前提条件の変動の有無、確認法人および国外関連者の財務状況などの記載が求められます。国税庁は年次報告書の自主点検チェックシートを公開しており、これを活用することで記載漏れを防ぐことができます。

参考リンク：事前確認に関するよくある質問と回答が国税庁公式サイトに掲載されており、申出書の提出期限・郵送時の注意点・手数料の有無などが確認できます。

国税庁：移転価格税制に関する事前確認のよくある質問とその回答

事前確認制度と関税評価制度の交錯——通関業者が見落としやすい盲点

通関業従事者にとって、この項目が最も実務直結です。APAは「国税（法人税）の問題」であり、「関税の問題」は税関が所管する関税定率法で別途規律されています。ところが、グループ企業間の輸入取引では、両者が交錯する局面が生じます。

典型的なケースがこうです。ある日本企業が海外の関連会社から製品を輸入し、APAにより営業利益率を一定範囲に収める合意を結んでいるとします。7事業年度の実績営業利益率が合意したレンジを外れた場合、最終事業年度に「調整金」を支払う契約になっています。この取引について、税関に「調整金を含めた価格を現実支払価格として関税評価してよいか」と照会した結果、税関は「NO」と回答しています。理由は、調整金の金額が7年後まで判明しないため、「輸入貨物の課税価格の決定を困難とする条件」（関税定率法第4条第2項第2号）が付されているとみなされるからです。

つまり、APAを取得して法人税上の問題を解決しても、それが関税評価上の「取引価格」と連動するとは限りません。APA取得＝関税評価も安心、というわけではないのです。この前提を輸入者が見落とすと、関税の申告価格の正確性が問われる場面で想定外のトラブルが起きます。

EYの調査（TradeWatch 2024 Issue 2）によれば、世界40か国以上で調査したところ、遡及的な移転価格調整と関税評価額の取り扱いには「国・地域によって大きなばらつき」があることが判明しています。ドイツ・英国・スウェーデンなどでは、利益率に基づく算定方法（TNMMなど）を採用している場合、税関当局が取引価格方式（TVM）の適用を拒否するケースが増えています。日本においても、調整金の性格によっては同様の問題が発生します。

こうした問題を回避するためには、APAの申請と並行して税関への事前教示申請を行い、関税評価上の取り扱いについても文書で確認を取っておくことが重要です。両制度を同時並行で整理するアプローチを、立命館大学の研究でも推奨しています。移転価格調整を行う場合には、その内容が関税評価に影響しないかを通関業者としても事前に確認する姿勢が求められます。

参考リンク：税関による関税評価の質疑応答事例（PDF）です。APA取得後の調整金と関税評価額の関係について、税関の公式見解が記載されています。

財務省税関：輸入貨物の課税価格の決定を困難とする調整金（APA調整金に関する質疑応答事例PDF）

通関業従事者が押さえるべき独自視点——BEPS対応と情報提供義務の実務影響

2015年にOECDが公表したBEPS（税源侵食と利益移転）行動計画5の最終報告書は、事前確認制度の運用に直接的な変化をもたらしました。日本では、平成22年（2010年）1月1日以後に通知が行われた事前確認について、確認内容（法人名・取引概要・算定方法等）を、国外関連者の所在地国の税務当局に対して租税条約等に基づき「自発的に情報提供」する運用が実施されています。これが通関業実務に与える影響を見逃してはいけません。

どういうことかというと、APA取得後は日本の国税庁が相手国の税務当局に情報を提供するため、相手国でも同様の内容で申告・移転価格文書を整備しているかが問われる可能性が高まります。依頼企業が「日本だけAPAを取ればOK」という認識でいると、相手国での税務調査で想定外の対応を迫られることがあります。

通関業者としての視点で言えば、BEPS対応により国境をまたいだ取引価格の透明性が格段に高まっています。輸出入申告書類の申告価格と、APAで確認された移転価格との整合性について、依頼企業から確認を求められるケースが増えてきています。申告価格の根拠として移転価格文書や独立企業間価格算定の資料を問われた際、適切に説明できる体制を整えておくことが通関業者としての信頼性につながります。

また、APAの確認対象期間中に「重要な前提条件」が変動した場合（たとえば、市場の大幅な変化や為替の急変動など）は、APAの内容が自動的に変更されるわけではありません。こうした場合に適切な補償調整（Compensating Adjustment）を行わないと、確認内容と申告内容が乖離し、修正申告が必要になります。

なお、修正申告を「税務当局の指摘等によらず自主的に」提出した場合、国税通則法第65条第5項の過少申告加算税が課されない扱いとなっています。これは事前確認制度に独特の優遇規定であり、自主的な対応がいかに重要かを示しています。自主対応が原則です。トランプ政権による追加関税措置（2025年以降）などで取引価格の見直しを余儀なくされた企業では、既存APAの前提条件との整合性確認が急務になっているケースも出てきており、通関業者も最新の国際税務動向から目が離せない状況です。

参考リンク：国税庁の移転価格事務運営要領（第6章：事前確認）の全文です。事前確認の申出・審査・通知に至る詳細な手続き規定が記載されており、実務上の確認に役立ちます。

国税庁：移転価格事務運営要領 第6章 事前確認（事務運営指針）

事前確認の申請は手数料ゼロ——でも「隠れたコスト」が数千万円規模になることも

「事前相談および事前確認審査については、手数料は不要です」と国税庁のFAQに明記されています。これは読んでそのままで、国税庁への費用は一切かかりません。ただし、相互協議を伴う場合は相手国で手数料が必要になることもあるため、国際的な案件では相手国の規定を確認することが必要です。手数料ゼロは日本国内限定です。

費用ゼロに見えるAPAですが、実際にはコンサルタント費用・税理士費用・移転価格文書の作成費用など「書類準備にかかる実費」が相当な規模になります。移転価格の分析・文書化だけで数百万円規模、バイラテラルAPAともなると日本側・相手国側の両方で専門家費用が発生するため、総コストが数千万円に上るケースも珍しくありません。米国IRSの場合はAPA申請料が公表されており、2019年には申請料引き上げを機に申請件数が121件に急減した経緯があります。コスト負担が申請行動を左右するのは世界共通の現象です。

通関業者の立場で依頼企業に情報提供する際は、「APAは無料で申し込める」という一面だけでなく、「書類準備コストが数千万円規模に達しうる」「審査期間は平均35.8か月（約3年）かかる」「APA期間中は毎年年次報告書の提出が義務」という3点をセットで伝えることが、正確なアドバイスにつながります。

費用対効果の観点では、国外関連者との取引規模が小さい場合は「申し出を行わないという選択肢もあり得る」と国税庁自身のFAQで認めています。APAは万能ではなく、あくまで取引規模・課税リスクの大きさに応じた合理的な意思決定ツールです。申請するかどうかの判断こそが重要です。

移転価格税制は、国外関連者間取引が活発になるほど、課税リスクが大きくなります。輸入貨物を多く扱う通関業者が顧客企業にとってのリスクを早期に把握し、「国税庁の事前確認制度（APA）を専門家に相談する価値がある」という情報提供ができれば、顧客との関係強化にも直結します。これは使えそうです。

参考リンク：PwC Japanグループによる移転価格事前確認（APA）の実務解説ページです。ユニAPA・バイラテラルAPA・マルチラテラルAPAの比較と費用対効果を含む実務的な説明が参考になります。

PwC Japan：移転価格事前確認（APA）の実務解説