計算したら5,000円未満なのに納付していたら損です。
加算税を計算する際には、まず計算の基礎となる税額について端数処理を行います。
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国税通則法第118条第3項の規定により、附帯税（加算税や延滞税など）の額を計算する場合、その計算の基礎となる税額に10,000円未満の端数があるとき、またはその税額の全額が10,000円未満であるときは、その端数金額または全額を切り捨てます。
つまり基礎税額が原則です。
参考）国税通則法 第118条 国税の課税標準の端数計算等
例えば、修正申告により納付すべき税額が158,500円の場合、10,000円未満の端数である8,500円を切り捨てて150,000円として加算税を計算します。この処理を忘れると、本来より高い加算税を計算してしまう恐れがあります。
参考）過少申告加算税の具体的な計算方法について
通関業務では、課税価格の修正申告を行う際にこの端数処理が頻繁に発生します。輸入事後調査の結果を踏まえた修正申告では、増差税額に対して過少申告加算税が課されますが、この増差税額が計算の基礎となるため、まず10,000円未満の端数を切り捨ててから税率を乗じる必要があります。
計算の基礎を間違えると後続の計算すべてに影響します。
加算税の計算基礎を確定した後、税率を乗じて算出された加算税額にも端数処理のルールがあります。
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計算された加算税の確定金額に100円未満の端数があるときは、その端数金額を切り捨てます。例えば、過少申告加算税を計算した結果が15,380円だった場合、100円未満の80円を切り捨てて15,300円が最終的な納付額となります。
この100円未満の端数切り捨ては、加算税の種類を問わず適用されます。過少申告加算税、無申告加算税、不納付加算税、重加算税のいずれにおいても、最終的に算出された税額の100円未満は切り捨てて納付額を確定します。
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通関業務においても同様で、輸入申告時の過少申告に対する過少申告加算税を計算する際、基礎税額の10,000円未満を切り捨てた後に税率（原則10％）を乗じ、さらにその結果の100円未満を切り捨てるという二段階の端数処理を行います。
100円未満の端数は必ず切り捨てると覚えましょう。
加算税の計算結果が少額である場合、納付義務そのものが免除される重要なルールがあります。
参考）不納付加算税とは？課される要件や計算方法、免除されるケースを…
国税通則法第119条第4項の規定により、加算税の確定金額が5,000円未満であるときは、その全額を切り捨てます。つまり、計算の結果として加算税が4,999円以下であれば、1円も納付する必要がないということです。
参考）過少申告加算税とは？税率・計算方法・課されないケースなどを解…
この規定は「少額不徴収」と呼ばれ、徴税コストと納税負担のバランスを考慮した制度です。例えば、新たに納める税額が4万円の場合、過少申告加算税は「4万円×10％=4,000円」となりますが、5,000円未満のため全額が免除されます。
参考）過少申告加算税とは？計算方法や過少申告加算税が課されないケー…
通関業務でも同様に適用され、輸入申告の修正で増差税額が少額の場合、過少申告加算税が5,000円未満となれば納付不要です。ただし、この判定は端数処理後の最終税額で行うため、計算途中で5,000円を下回っていても、最終的に5,000円以上になれば納付義務が発生します。
5,000円未満なら納付不要と覚えておけばOKです。
過少申告加算税には基本税率10％に加えて、増差税額が一定額を超える場合に加重される仕組みがあります。
参考）関税に付帯する税：日本
増差税額（修正申告等により増加した税額）が、当初申告税額と50万円のいずれか多い額を超える場合、その超える部分に対しては追加で5％が加算されます。つまり、基本部分は10％、加重部分は15％（10％+5％）の過少申告加算税が課されることになります。
この計算においても端数処理のルールは厳密に適用されます。例えば、当初申告税額が120万円で更正後の税額が300万円と判明した場合、増差税額は180万円です。この場合、120万円までは10％、残りの60万円には15％が適用されますが、計算の基礎となる各金額について10,000円未満の端数があれば切り捨て、最終的な加算税額についても100円未満を切り捨てます。
通関業務では、輸入申告の課税価格を大幅に誤った場合にこの加重税率が適用されます。当初申告が著しく過少で、修正申告による増差税額が大きくなる場合、加重部分の計算も含めて正確な端数処理が求められます。加重分の判定には累積増差税額を用いるため、複数回の修正申告がある場合は特に注意が必要です。
加重税率でも端数処理の基本は同じです。
参考リンク：過少申告加算税の詳細な計算方法と加重税率の適用条件について
過少申告加算税と関税の計算方法と申告制度 - 通関士ガイド
加算税の計算では、端数処理のタイミングや適用順序を誤ると、納付額に差が生じます。
実務でよくある誤りは、基礎税額の端数処理を行わずに税率を乗じてしまうケースです。例えば、増差税額が158,500円の場合、正しくは10,000円未満を切り捨てて150,000円として計算しますが、そのまま158,500円に10％を乗じると15,850円となり、正しい計算（15,000円）より850円高くなります。
また、加算税の種類によって税率が異なるため、適用する税率を間違えないことも重要です。過少申告加算税は10％（加重部分15％）、無申告加算税は15％（50万円超の部分は20％）、不納付加算税は10％、重加算税は35％（無申告の場合は40％）と、それぞれ異なります。
通関業務特有の注意点として、修正申告のタイミングによっては過少申告加算税が課されない場合があります。税関の調査通知前に自主的に修正申告を行った場合など、一定の条件下では加算税が免除されます。この場合、端数処理以前に加算税そのものが発生しないため、実務では修正申告のタイミングを見極めることが重要です。
計算ミスは納付額の過不足につながります。
参考リンク：過少申告加算税の具体的な計算事例と端数処理の実践方法について
過少申告加算税の具体的な計算方法について | 税関対応,輸出入手続き専門
加算税と延滞税はどちらも附帯税ですが、端数処理のルールに微妙な違いがあります。
延滞税の計算においても、本税額に10,000円未満の端数がある場合や本税額が10,000円未満の場合は、その端数または全額を切り捨てて計算します。また、延滞税の確定税額についても100円未満の端数は切り捨てます。
ここまでは加算税と同じです。
しかし、延滞税には加算税のような「5,000円未満の全額切り捨て」のルールはありません。延滞税は納付期限から実際の納付日までの日数に応じて計算されるため、少額であっても納付義務が発生します。一方、加算税は5,000円未満なら全額免除されるため、実務上この違いを理解しておくことが重要です。
通関業務では、修正申告により関税を追加納付する場合、過少申告加算税と延滞税の両方が発生することがあります。過少申告加算税が5,000円未満で免除されても、延滞税は別途計算されて納付が必要になる場合があるため注意が必要です。延滞税の計算では、令和7年の場合、税率は2.4％が適用されます。
参考）https://www.tsukangyo.or.jp/files/libs/2414/202509050906361294.pdf
延滞税には5,000円未満の免除ルールがありません。
参考リンク：延滞税と無申告加算税の基本的な計算方法と端数処理について
期限後申告の「延滞税」「無申告加算税」の基本
