取得後1年以内に登記しないと軽減措置は一切受けられません。
登録免許税は不動産の登記手続きを行う際に国に納める税金です。通関業務従事者の方が住宅を購入する際にも、この税金は避けて通れません。
参考）https://www.freee.co.jp/kb/kb-trend/registration-license-tax-reduction/
軽減措置を受けると、税率が大幅に下がります。所有権保存登記の場合、本則税率0.4%が0.15%に軽減され、所有権移転登記では本則税率2.0%が0.3%に軽減されます。例えば、評価額2,000万円の新築住宅を購入した場合、保存登記の税額は本則なら8万円ですが、軽減措置を使えば3万円で済みます。つまり5万円の節約です。
参考）https://www.nta.go.jp/publication/pamph/sonota/0020003-124_01.pdf
この軽減措置は令和9年3月31日まで延長されています。
床面積50㎡以上という要件は、登記簿上の面積で判断されます。店舗や事務所との併用住宅の場合、居住部分の面積が全体の90%を超える必要があります。
参考）登録免許税の軽減要件 堺市
マンションの場合は注意が必要です。登記簿上の専有面積が49㎡でも、共用部分の持分が加算されて課税床面積が50㎡以上になる可能性があります。どういうことでしょうか？マンションでは廊下やエントランスなどの共用部分も按分して床面積に含まれるため、登記簿の数字だけで判断すると損をする場合があります。
参考）専有面積と登記面積、壁芯と内法 ＆#8211; ディアモンテ…
購入前に登記簿謄本で床面積を確認することが基本です。
自己居住用とは、個人が自分で住むための住宅という意味です。法人が従業員の社宅として新築した住宅には軽減措置は適用されません。通関業務従事者が会社経由で社宅を取得する場合、この点は要注意です。
参考）【宅建税その他】登録免許税の概要から特例を解説
併用住宅でも要件を満たせば軽減措置を受けられます。ただし居住部分が床面積の90%を超えることが条件です。例えば、自宅の一部を事務所として使う場合、居住スペースが全体の89%だと適用外になります。
参考）さいたま市／「住宅用家屋証明」の発行要件等について
投資用不動産や別荘は対象外です。
新築または取得後1年以内に登記することが必須条件です。この「1年以内」を過ぎると、どれだけ他の要件を満たしていても軽減措置は一切受けられません。通関業務で忙しい時期と住宅購入が重なった場合でも、この期限は厳守する必要があります。
参考）登録免許税の軽減措置とは？税率と適用期限・計算方法をわかりや…
住宅ローンの借り換えには軽減措置は適用されません。これは新規取得ではなく、既存のローンを組み替える行為だからです。意外ですね。
期限を守るため、取得日から逆算して登記のスケジュールを立てることが重要です。司法書士に早めに相談すれば、期限内の登記が確実になります。
中古住宅の場合、昭和57年1月1日以降に建築されたものという要件があります。これは新耐震基準が導入された時期に基づいています。
参考）耐震基準適合証明書の発行
昭和56年以前の建物はどうなるんでしょう？この場合、一定の耐震基準を満たしていることを証明する書類が必要です。具体的には、耐震基準適合証明書や既存住宅売買瑕疵担保責任保険契約が締結されている証明書が該当します。
耐震基準適合証明書の取得には費用がかかります。一般的な発行費用は数万円程度ですが、建物の状態によっては耐震改修工事が必要になり、数十万円から数百万円の出費になる可能性もあります。軽減による節税額と証明書取得費用を比較して判断することが条件です。
国税庁の公式パンフレットでは、登録免許税の税率や軽減措置の詳細が記載されています。
軽減措置を受けるには、市区町村が発行する住宅用家屋証明書が必要です。この証明書の取得には1件につき1,300円の手数料がかかります。
参考）住宅用家屋証明書について（登録免許税の軽減用）／茨木市
申請窓口は各市区町村の税務関係窓口です。申請には以下の書類が必要になります。
郵送申請も可能ですが、証明書が手元に届くまで1週間から10日程度かかります。お急ぎの場合は窓口申請をおすすめします。
申請前に必要書類を確認することが原則です。書類不備があると発行が遅れ、登記期限に間に合わないリスクが生じます。通関業務で書類チェックに慣れている方なら、この作業は難しくありません。
贈与を原因とした所有権移転登記には軽減措置は適用されません。軽減対象となる取得原因は「売買」および「競落」に限定されています。親から住宅を贈与された場合、どれだけ居住用であっても軽減は受けられません。
参考）301 Moved Permanently
住宅用家屋以外の建築物も対象外です。倉庫や事務所専用の建物は、個人が取得しても軽減措置の恩恵はありません。通関業務で使う事務所兼住宅を考えている場合、居住部分90%超という基準を満たす設計にする必要があります。
法人名義の取得も適用外です。通関業を営む法人が社宅として住宅を購入する場合、登録免許税の軽減は受けられません。この場合は個人名義で購入し、会社に賃貸する形にすれば、個人は軽減措置を利用できます。厳しいところですね。
通関業の許可を受ける際にも登録免許税が課されます。通関業許可に係る登録免許税は9万円です。この税金は通関業を譲り受ける場合を除き、登録免許税法第5条第13号の規定に基づき非課税扱いとなります。
通関業許可の登録免許税と住宅取得の登録免許税は別物です。通関業務従事者として許可申請の経験があっても、住宅取得時の軽減措置は別途申請が必要になります。どういうことでしょうか？通関業許可は事業者としての資格であり、住宅取得は個人の不動産登記だからです。
通関業法基本通達では登録免許税の納付手続きについて詳細が定められています。この手続きに慣れている通関業務従事者なら、住宅取得時の登録免許税手続きも理解しやすいはずです。
税関の通関業法基本通達では、通関業許可に関する登録免許税の取り扱いが説明されています。
令和6年度の税制改正により、住宅用家屋の登録免許税軽減措置の適用期限が令和9年3月31日まで延長されました。特定認定長期優良住宅や認定低炭素住宅の軽減措置も同様に延長されています。
特定認定長期優良住宅の保存登記では、税率が0.1%にさらに軽減されます。これは通常の軽減税率0.15%よりもさらに低い水準です。2,000万円の物件なら、通常軽減で3万円のところ、長期優良住宅なら2万円で済みます。1万円の差ですね。
税制改正は毎年行われる可能性があります。通関業務で関税率の変更に注意を払うのと同様に、登録免許税の軽減措置も最新情報をチェックすることが必須です。国税庁のウェブサイトでは、毎年度の税制改正情報が公開されています。
軽減措置を確実に受けるには、住宅購入から登記までのスケジュール管理が重要です。通関業務でのタイムリミット管理と同じ感覚で、取得日から1年以内の登記期限を守ることが基本です。
司法書士への早期相談がカギになります。住宅の売買契約を結んだ段階で司法書士に連絡し、必要書類と手続きの流れを確認しましょう。通関業務で通関士に相談するように、登記は専門家に任せるのが確実です。
住宅用家屋証明書は市区町村によって必要書類が若干異なる場合があります。事前に自治体のウェブサイトで確認するか、電話で問い合わせることが条件です。通関業務で必要な申告書類が税関によって若干異なるのと似ています。
中古住宅を購入する場合、耐震基準適合証明書の取得期限にも注意が必要です。引渡し前に証明書を取得しておけば、スムーズに軽減措置を受けられます。これは使えそうです。
freee会計の解説記事では、登録免許税の計算方法や軽減措置の要件が分かりやすくまとめられています。
