WTOと書類に記載したとき、それが「軍事同盟」だと誤解される可能性があります。
世界貿易機関の正式な英語名称は「World Trade Organization」であり、その頭文字を取ってWTOと略されます。これは国際貿易のルールを定め、自由貿易を促進することを主な目的として1995年に創設された国際機関です。常設事務局はスイスのジュネーブに置かれており、2026年現在、164の国と地域が加盟しています。
参考）世界貿易機関 - Wikipedia
通関業務従事者にとって、WTOは関税率の決定や貿易紛争解決に直接関わる重要な組織です。日本の通関手続きで適用される関税率の多くは、WTO協定に基づいて設定されています。つまりWTOが原則です。
参考）https://www.meti.go.jp/policy/trade_policy/wto/kouohou_rev.pdf
フランス語では「Organisation mondiale du commerce（OMC）」、スペイン語では「Organización Mundial del Comercio（OMC）」と表記されます。複数の言語で異なる略称が存在するため、国際的な文書では注意が必要です。明確に区別が必要な場合、世界貿易機関は「WTO-OMC」と表記されることもあります。
参考）世界貿易機関
WTOという略称は、実は複数の国際組織が使用してきた歴史があります。最も重要なのは、ワルシャワ条約機構（Warsaw Treaty Organization）もWTOという同じ略称を使っていた事実です。ワルシャワ条約機構は1955年に東欧8か国が結成した軍事同盟であり、1991年に解散しています。
参考）WTO (曖昧さ回避) - Wikipedia
現在は混同を避けるため、ワルシャワ条約機構は「WPO（Warsaw Pact Organization）」という略称が多く使われます。「Treaty（条約）」を「Pact（協定）」に置き換えたものですね。これは使えそうです。
参考）ワルシャワ条約機構 - Wikipedia
また、世界観光機関（World Tourism Organization）も以前はWTOという略称を使用していました。しかし2003年に国連の専門機関となった後、世界貿易機関との混同を避けるため「UNWTO」という略称に変更しています。日本を含む157か国が加盟する組織であり、観光関連の国際文書では現在もこの略称が使われています。
参考）「WTO」の意味や使い方 わかりやすく解説 Weblio辞書
通関業務で作成する書類や報告書にWTOと記載する際は、文脈から世界貿易機関を指すことが明確でない場合、誤解を招く可能性があります。古い文献や資料を参照する場合は、どの組織を指しているか年代から判断する必要があるということですね。
WTOの最も基本的な原則の一つが「最恵国待遇（MFN: Most-Favoured Nation Treatment）」です。これは、ある加盟国に与えた最も有利な貿易条件を、他のすべての加盟国にも平等に適用しなければならないという原則です。
参考）【初心者向け】最恵国待遇とは？仕組みと意味をやさしく解説
具体的には、日本がある国からの輸入品に対して関税率を5%に引き下げた場合、他のすべてのWTO加盟国からの同じ製品にも5%の関税率を適用する必要があります。この原則は「関税及び貿易に関する一般協定（GATT）第1条」に明記されており、WTO体制の根幹をなしています。
参考）最恵国待遇とは WTOの基本原則、通商・関税を平等に - 日…
通関業務では、この原則に基づいて「MFN税率」が設定されています。MFN税率は、基本税率（暫定税率が設定されている品目は暫定税率）とWTO協定税率のいずれか低い税率を指します。輸入申告の際、特恵税率が適用できない場合は、このMFN税率が適用されることになります。
最恵国待遇は「平等な貿易機会の保障」と「国際的信頼の確立」に寄与する仕組みです。これが基本です。
最恵国待遇には重要な例外が存在し、通関業務で頻繁に扱うのが「特恵税率」です。特恵税率には、発展途上国を対象とした「一般特恵関税制度（GSP: Generalized System of Preferences）」と、EPA相手国を対象とした「経済連携協定税率（EPA: Economic Partnership Agreement）」があります。
参考）WTO（世界貿易機関）ってどんな組織？簡単にわかりやすく解説…
GSPとEPAの両方に税率設定がある場合、原則としてEPA税率が優先されGSP税率は適用できません。ただし例外として、GSP税率の方がEPA税率より低い場合は、両方適用可能です。この例外を知らないと、輸入者に不利な税率を適用してしまうリスクがあります。
2026年2月現在、日本が発効済みのEPAは15種類以上あり、各協定で適用される税率や原産地規則が異なります。通関業務従事者は、輸入貨物がどの特恵制度の対象になるか、また相手国の原産品であることを証明する書類（原産地証明書など）が適切に提出されているかを確認する必要があります。
参考）https://www.customs.go.jp/tokyo/content/20170606_gensanchi.pdf
特恵税率を適用するには「原産地規則」を満たす必要があり、実質的変更基準の例外として累積（ACU）、自国関与基準、僅少の非原産材料（DMI: De Minimis）などの救済的規定も存在します。これらのルールは複雑ですが、正しく理解すれば輸入者のコスト削減に大きく貢献できます。
東京税関の原産地規則に関する資料（PDF）には、特恵税率を活用するための詳細な手順が記載されており、実務上の参考になります。
WTOには加盟国間の貿易紛争を解決するための「紛争解決制度（DSM: Dispute Settlement Mechanism）」が設けられています。これは国家間の通商問題の政治化を避け、国際的に合意されたルールに基づいて客観的な解決を図るシステムです。パネル（小委員会）と上級委員会という二審制の第三者機関により、WTO協定との整合性が審議されます。
参考）https://www.mofa.go.jp/mofaj/gaiko/wto/funso/seido.html
この紛争解決制度の判断は、通関業務に直接影響を及ぼすことがあります。実際に日本は2015年、韓国による福島など8県産の水産物輸入禁止措置を「科学的根拠がない」としてWTOに提訴しました。一審のパネルは日本の主張を認めましたが、2019年4月の上級委員会は一審判断を破棄し、韓国の措置を妥当とする判決を下しました。日本にとって逆転敗訴です。
参考）日本は韓国にWTOで敗訴したのか？～原発事故の被災地からの水…
この判決により、韓国は日本の水産物に対する禁輸措置を継続することになりました。通関業務従事者にとって、こうしたWTO紛争の結果は、どの国への輸出が可能か、どのような証明書が必要かといった実務に直結する情報となります。痛いですね。
参考）日本が逆転敗訴、韓国の水産物禁輸巡り ＷＴＯ最終審
なお、上級委員会の判断の効力は、当該紛争の当事国間にのみ及びます。つまり今回の判断で、中国や台湾など他の国の禁輸措置が正当化されるわけではありません。日本は今回の判断を参考にして、他の国をWTOに提訴する道が残されています。
外務省のWTO紛争解決制度に関するページでは、紛争解決の手続きや最新の事例について詳しく解説されています。
