原産地証明書発行方法オンライン|申請から取得まで完全解説

原産地証明書発行方法オンライン

オンライン申請なのに紙の証明書が必要です。

この記事でわかること

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オンライン発行の基本手順

貿易登録からシステムログイン、発給申請までの流れを詳しく解説

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手数料と支払方法

基本料金、加算額の計算方法と電子クーポン・クレジットカード決済の選択

⚠️

電子化の落とし穴

オンライン申請でも自社でカラー印刷が必要なケースと対応国の最新情報

このページの目次

原産地証明書発行方法オンライン

原産地証明書のオンライン発行とは

原産地証明書のオンライン発行は、商工会議所が提供する専用システムを使って証明書の申請から取得までをインターネット上で完結させる仕組みです。従来の窓口申請では、証明書用紙の購入や商工会議所への移動が必要でしたが、オンライン申請ではこれらの手間が大幅に削減されます。
参考）オンライン申請の流れ｜証明センター｜東京商工会議所

システムにログインするためのIDとパスワード、ネットワークに接続されたPC、白紙、カラープリンタがあれば利用可能です。社内のサーバやPCに特殊なソフトウェアをインストールする必要はありません。
参考）https://www.kyo.or.jp/kyoto/proof/docs/proof_online-Issuance.pdf

ただし、完全な電子化が進んでいるのは一部の国のみです。日本・メキシコEPAでは2025年11月25日から、日本・タイEPAでは2025年11月4日から電子原産地証明書(e-CO)のデータ交換が本格運用されています。これらの国では、PDF形式の証明書をシステム上から直接ダウンロードでき、紙の証明書の受け取りや郵送は不要です。
参考）日・メキシコEPA、原産地証明書の発給が11月25日から電子…

一方、多くの国ではオンライン申請後に申請者が白紙にカラー印刷する方式が採用されています。つまり、オンラインで申請できても、最終的には自社で紙の証明書を印刷しなければなりません。これが冒頭の「オンライン申請なのに紙の証明書が必要」という現実です。
参考）https://www.jcci.or.jp/eco/file/pamphlet.pdf

原産地証明書の貿易登録手続き

オンライン申請を利用するには、まず商工会議所で貿易登録を行う必要があります。すでに貿易登録をしている場合でも、登録番号が6桁の方はオンラインシステムに対応していないため、10桁の登録番号への更新手続きが必要です。
参考）原産地証明に関するQ＆A

貿易登録では企業情報と署名者(サイナー)の情報をオンラインで入力します。入力後、「誓約書」「業態内容届」「署名届」を印刷し、その他の必要書類とともに提出します。
登録手数料は商工会議所によって異なりますが、会員企業は無料、非会員企業は5,500円程度です。有効期限は2年間となっています。期限到来時には更新申請が必要ですが、これもオンラインで行えます。
参考）オンライン申請の留意点

原産地証明書の申請から発給までの流れ

オンライン申請の具体的な流れは以下のとおりです。まず、船積情報(船名等の輸送手段、商品の明細など)が確定してから輸出者が申請を開始します。
発給申請状況一覧画面から「新規発給申請」をクリックし、証明依頼書を入力します。記載産品の主な品目と仕向国を選択しますが、仕向国の一覧に該当する国がない場合は地域別の「その他」を選びます。
次に、原産地証明書に記載する事項を入力します。入力方法は「手動入力」「複写入力」「一括アップロード」の3つから選べます。過去の申請履歴を活用した複写入力を使えば、入力の手間を大幅に省けます。
参考）作成方法と発給申請｜オンライン申請手続き｜貿易関係証明

申請内容に問題がなければ、連絡先を入力して「発給申請」をクリックします。以上で発給申請は完了です。商工会議所の審査が完了し、手数料の入金が確認されると、システム上から証明書のPDFがダウンロード可能になります。e-CO対応国以外では、このPDFを白紙にカラー印刷して使用します。

原産地証明書の手数料と支払方法

原産地証明書の発給手数料は、基本料と加算額の合計で計算されます。一般的な原産地証明書(非特恵)の場合、会員企業は1,100円、非会員企業は2,200円です。別途、原産地証明書用紙の購入が必要な場合は1枚7円+消費税がかかります。
参考）手数料一覧

EPA(経済連携協定)に基づく特定原産地証明書の場合は、基本料2,000円に、1産品あたり500円の加算額が加わります。ただし、証明書記載産品に係る原産品判定番号の使用回数が21回目以降は、加算単価が50円に下がります。
参考）手数料

支払方法は、先払い(電子クーポン)または後払い(クレジットカード)のいずれかを選べます。電子クーポンは事前に購入しておく方式で、クレジットカードは申請後に決済する方式です。

原産地証明書の電子化対応状況と注意点

原産地証明書の電子化は国によって進捗が大きく異なります。日本からの輸出では、メキシコとタイが2025年11月から電子原産地証明書(e-CO)のデータ交換を開始しました。これらの国では、システム上からPDF形式の証明書をダウンロードするだけで済み、発給窓口での受け渡しや郵送は発生しません。
参考）タイ向け輸出のEPA原産地証明手続きが電子化、11月4日から…

証明書にはQRコードおよびURLが記載されたページが付随され、輸入国の税関で証明書の真正性を即座に確認できます。従来は申請から発給まで2営業日程度かかっていましたが、電子化により大幅に短縮されています。
一方、e-CO未対応の国では、オンライン申請後に申請者が白紙にカラー印刷する必要があります。証明書データには加工制限がかけられており、意図的に制限を解除して加工したデータを証明書として利用した場合、証明書の偽造として罰則規程が適用されます。私文書偽造や詐欺罪、業務妨害罪に該当する可能性もあります。
印刷時の注意点として、証明書は必ずカラー印刷する必要があります。また、証明書データを加工せずそのまま使用することが絶対条件です。

原産地証明書オンライン申請の特殊ケースと制限

オンライン申請にはいくつかの制限があります。まず、代行業者は当面の間オンライン申請を行うことができません。将来的には対応予定ですが、現時点では窓口申請のみとなります。
輸出者欄が「On behalf of~」の場合、船積書類作成等についての委任状をアップロードする必要があります。荷受人欄を「To order」と記載する場合は、輸送手段欄の船積地、仕向地、便名/便区分が必須入力です。
申請時には真正なものを確認のうえ申請するのが原則であり、認証後の訂正はできません。訂正が必要な場合は再申請が原則となるため、窓口申請・オンライン申請ともに新規で原産地証明書を申請し直す必要があります。
記載産品の主な品目や仕向国の選択で該当する国がない場合は、地域別の「その他」を選びます。ただし、この選択は証明書には反映されません。

原産地証明書の不備による通関トラブル回避策

原産地証明書の不備があると特恵関税が適用されず、追加関税の支払いが発生します。記載内容の誤り、原産地基準の未達成、有効期限切れが主な原因です。
参考）原産地証明書の問題による通関トラブルと対策

輸入通関に原産地証明書が間に合わない場合は、一旦通常の輸入申告を行い、証明書が届き次第、事後的に特恵税率の適用を申請できます。税関が申請を認めた場合、一般の関税率と特恵税率の差額が還付されます。
通関トラブルを防ぐには、必ずコマーシャルインボイスを使用してください。プロフォーマインボイスは不可です。
作成された原産地証明書の所定欄外へのはみ出し記載や汚れ、破損、サイン崩れ等がある場合は申請を受付けできません。オンライン申請でも、印刷時の品質管理が重要になります。
税関の指摘を受けた場合は、輸出者と連携して修正証明書を取得する必要があります。一定期間内であれば、事後的に原産地証明書を提出し、関税還付を申請できるケースもあります。
東京商工会議所｜オンライン申請の流れ(原産地証明)
オンライン申請の具体的な手順と各ステップの詳細が掲載されています。
日本商工会議所｜特定原産地証明書取得までの流れ
EPA(経済連携協定)に基づく特定原産地証明書の取得手順が解説されています。
税関｜原産地証明書のデータ交換について
電子原産地証明書(e-CO)の最新情報と対応国の詳細が確認できます。