通関業許可申請では本店所在地が他県だと書類が無効になります。
通関業許可申請では会社登記簿謄本（登記事項証明書）が必須書類となりますが、この書類は会社の本店所在地を管轄する登記所でのみ取得できます。管轄外の登記所で申請しても受理されないため、事前に正確な管轄を確認することが重要です。
参考）登記の申請先はどこ？管轄法務局の調べ方 - リーガルメディア
法務局のホームページを利用するのが最も確実です。法務省の「管轄のご案内」ページでは、地図上で会社の本店所在地が所属する市区町村をクリックすると、管轄法務局が自動的に表示される便利なシステムが用意されています。例えば東京都千代田区に本店がある会社なら、東京法務局本局（千代田区九段南1-1-15）が管轄となります。
参考）https://www.dream-planning.jp/pico+index.content_id+19.htm
電話での確認も有効な方法です。最寄りの登記所に電話すれば、担当者が管轄を教えてくれます。登記所の受付時間は月曜日から金曜日の午前8時15分から午後5時15分までで、土日祝日は休業です。急ぎの場合でも、この時間内なら数分で管轄が判明します。
全国の登記所は8つの地方ブロックに分けて管理されています。北海道地方には札幌法務局、函館地方法務局、旭川地方法務局、釧路地方法務局の4局が配置され、各地域の登記業務を担当しています。
参考）法務局登記所一覧｜司法書士法人さくら事務所
東北地方では仙台法務局（宮城県）、福島地方法務局（福島県）、山形地方法務局（山形県）が主要な拠点です。関東甲信越地方は最も登記所が密集しており、東京法務局（東京都千代田区九段南1-1-15、電話03-5213-1234）を筆頭に、横浜地方法務局（神奈川県）、さいたま地方法務局（埼玉県）、千葉地方法務局（千葉県）などが配置されています。
参考）法務省
中部地方には名古屋法務局（愛知県）、津地方法務局（三重県）、岐阜地方法務局（岐阜県）などが、近畿地方には大阪法務局（大阪府）、京都地方法務局（京都府）、神戸地方法務局（兵庫県）などが設置されています。中国地方は広島法務局（広島県）、山口地方法務局（山口県）、四国地方は高松法務局（香川県）、徳島地方法務局（徳島県）が中心です。九州・沖縄地方では福岡法務局（福岡県）、佐賀地方法務局（佐賀県）、那覇地方法務局（沖縄県）などが業務を担当しています。
各法務局の詳細な所在地・連絡先は法務省の公式サイトで確認できます。
法務省「管轄のご案内」ページ（全国の登記所の所在地・電話番号・管轄区域が地図から検索可能）
登記情報提供サービスは、登記所が保有する登記情報をインターネット経由でパソコン画面上で確認できる有料サービスです。通関業許可申請の準備段階で、会社の登記内容を事前確認する際に役立ちます。
参考）登記情報提供サービス
このサービスでは会社の所在地域（市区町村）がわかっていれば、商号の前方一致検索機能を利用して目的の会社を探せます。さらに会社および一定範囲の法人については、キーワード検索機能により商号を構成する単語のヨミカナを指定した検索も可能です。例えば「カブシキガイシャ ○○ツウカン」のように入力すれば、該当する通関業者を絞り込めます。
参考）https://www.touki-kyoutaku-online.moj.go.jp/toukinet/mock/ToukiGateway/html/html_1/question.html
ただし、このサービスで取得できるのはあくまで「登記情報」であり、通関業許可申請に必要な「登記事項証明書」（登記簿謄本）とは異なります。登記事項証明書には登記官の認証印が押されており法的効力がありますが、オンライン検索で得られる情報には認証印がないため、税関への提出書類としては使用できません。申請時には必ず管轄登記所で正式な登記事項証明書を取得してください。
参考）https://y-kaiji.com/brokerage/
通関業許可申請では複数の登記所関連書類が求められます。法人の場合、会社登記簿謄本（登記事項証明書）、定款、役員名簿、役員全員の履歴書が基本セットです。これらに加えて、役員全員の身分証明書と「登記されていないことの証明書」も必要になります。
参考）通関業許可申請について
身分証明書は本籍地の市区町村役場で取得する書類で、成年被後見人・被保佐人に該当しないことを証明するものです。一方、「登記されていないことの証明書」は東京法務局または地方法務局で取得でき、成年後見制度による登記がないことを証明します。通関業許可申請では両方の書類が必須です。
参考）個人事業主が提出する通関業許可申請書類のすべて
個人事業主が申請する場合は、本人の住民票の写しまたはこれに代わる書面、履歴書、身分証明書、登記されていないことの証明書が必要です。いずれの場合も、宣誓書（税関様式B第1080号）を申請者および役員全員分提出する必要があります。これらの書類には有効期限があるものもあるため、申請直前に取得するのが確実です。
登記事項証明書の取得にかかる時間は、窓口申請の場合、通常10分から30分程度です。ただし混雑状況によっては1時間以上待つこともあります。通関業許可申請の準備では複数の役員分の証明書が必要になることが多いため、時間に余裕を持って訪問してください。
取得費用は登記事項証明書1通あたり600円です（窓口申請の場合）。オンライン請求で郵送受け取りを選べば500円、登記所窓口での受け取りなら480円に下がります。役員が5名いる会社で全員分の登記されていないことの証明書（1通300円）を取得すると、合計で1,500円になります。通関業許可申請全体では、これらの書類取得だけで数千円の実費がかかることを想定しておくべきです。
予算を抑えたい場合は、オンライン請求システムを活用しましょう。法務局の「登記・供託オンライン申請システム」に登録すれば、自宅やオフィスから証明書を請求でき、郵送で受け取れます。窓口に行く交通費と時間を節約できるため、遠方の登記所が管轄の場合は特に有効です。
東京税関（東京都江東区青海2-7-11、電話03-3599-6316）と横浜税関（横浜市中区海岸通1-1、電話045-212-6051）は、通関業許可申請の主要な受付窓口です。これらの税関管轄地域で通関業を営む場合、本店所在地の登記所で事前に必要書類を揃えておく必要があります。
参考）通関業許可申請の代行 東京税関・横浜税関
東京都内の場合、区によって管轄登記所が細かく分かれています。千代田区・中央区・文京区は東京法務局本局、港区は東京法務局港出張所、新宿区は東京法務局新宿出張所といった具合です。会社の本店が江東区にある場合は東京法務局墨田出張所（墨田区菊川1-17-13、電話03-3631-1408）が管轄となります。
神奈川県内では、横浜市内の区によって横浜地方法務局の各出張所に管轄が分かれています。川崎市や相模原市など他の市にも専用の出張所があります。通関業許可申請書類の準備では、まず自社の本店所在地を確認し、該当する登記所の所在地と受付時間を事前に調べておくことで、無駄な移動を避けられます。営業所が複数ある場合でも、登記事項証明書は本店所在地の管轄登記所でのみ取得できる点に注意してください。
東京税関「通関業法に基づく主要届出等記載要領・添付書類」（申請書類の詳細な記載方法と添付書類リストを掲載）
