源泉徴収票見方2025年版・支払金額・控除額・確定申告まで完全網羅

源泉徴収票見方2025年版

扶養親族の年齢を1歳でも間違えると、あなたの税額が2万円以上変わります。

源泉徴収票の支払金額が示す本当の意味

源泉徴収票の「支払金額」は、1年間に勤務先から支払われた給与・賞与・手当の総額です。ただし、ここには通勤手当や出張旅費など非課税の手当は含まれません。
参考）2025年（令和6年）源泉徴収票の見方！何がわかるのか、いつ…

通関業務従事者の場合、深夜勤務手当や特殊業務手当が頻繁に発生しますが、これらは課税対象として支払金額に含まれます。一方で、通勤手当は月15万円までが非課税のため、支払金額には加算されません。​
つまり課税対象だけが記載されるということですね。
給与明細の総支給額と源泉徴収票の支払金額が一致しない場合は、非課税手当の有無を確認してください。特に年度途中で転職した場合、前職と現職の支払金額を合算する必要があるため、両方の源泉徴収票を保管しておくことが重要です。
参考）確定申告での源泉徴収票の見方は？添付は不要です
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源泉徴収票の給与所得控除後の金額を正確に読む

給与所得控除後の金額は、支払金額から給与所得控除額を差し引いた金額です。給与所得控除は、給与収入に応じて自動的に適用される控除で、2025年分では最低55万円から最大195万円まで段階的に設定されています。​
例えば年収480万円の場合、給与所得控除額は140万円となり、給与所得控除後の金額は340万円になります。この計算式は「収入金額×20%+44万円」で求められます。
参考）源泉徴収票の見方とは？いつどこで発行できるかを徹底解説｜my…

収入と所得は別物です。
2025年の税制改正により、基礎控除額が所得に応じて58万円から95万円に拡充されました。年収200万円以下の場合は最大95万円の基礎控除が適用されるため、給与所得控除後の金額からさらに控除額が増えることになります。
参考）【2025年（令和7年）年末調整】変更点と提出方法別メリット…
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通関業務で夜勤が多い場合、時間外手当が年収を押し上げる傾向があります。給与所得控除後の金額が思ったより高い場合は、時間外手当の課税分が反映されている可能性を確認しましょう。

源泉徴収票の所得控除の額の合計額で確認すべき項目

所得控除の額の合計額は、基礎控除・社会保険料控除・生命保険料控除・扶養控除など、各種控除の合計金額です。この金額が大きいほど、課税所得が減り、納税額も少なくなります。
参考）【図解】源泉徴収票の見方・かんたん解説｜ここだけ見ればOK！…

最も見落としやすいのは扶養控除です。19歳以上23歳未満の扶養親族がいる場合、特定扶養親族として63万円の控除が適用されますが、年齢判定を1歳間違えると、通常の扶養控除38万円との差額25万円分、税額にして2万円以上の損失が発生します。
参考）年末調整2025年(令和7年)の変更点をわかりやすく解説

年齢判定は12月31日時点です。
社会保険料控除には、健康保険・厚生年金・雇用保険の保険料が含まれます。通関業務従事者で国民年金を追納した場合や、家族の国民健康保険料を支払った場合も、年末調整で申告していれば控除額に加算されます。
参考）控除漏れ防止！源泉徴収票のチェック方法 - 藤戸綜合事務所（…

生命保険料控除は、生命保険・個人年金保険・介護医療保険の3種類に分かれており、それぞれ最大4万円、合計で最大12万円まで控除されます。源泉徴収票の摘要欄に内訳が記載されているため、証明書と照らし合わせて集計漏れがないか確認してください。​

源泉徴収票の源泉徴収税額と実際の計算方法

源泉徴収税額は、1年間に実際に徴収された所得税と復興特別所得税の合計額です。この金額は「(給与所得控除後の金額-所得控除の額の合計額)×所得税率-控除額」で計算されます。
参考）源泉徴収票の見方とは？発行のタイミングやいつ必要かをわかりや…

例えば課税所得が203万円の場合、税率は10%、控除額は9万7,500円となり、源泉徴収税額は10万5,500円になります。課税所得が195万円以下なら税率5%、330万円超なら税率20%と段階的に上がります。
税率区分で金額が大きく変わります。
2024年に定額減税が実施された場合、源泉徴収票の摘要欄に減税額が記載されます。減税額は本人3万円、扶養親族1人あたり3万円が基本ですが、所得税額がそれより少ない場合は減税しきれない分が住民税から控除されます。​
通関業務で残業が多く、月々の源泉徴収額が高めに設定されている場合、年末調整で還付金が発生することがあります。源泉徴収税額が月々の徴収額の合計より少なければ、その差額が12月または1月の給与で還付されます。
参考）【源泉徴収票の見方】所得や納税額の数字のナゾ、図解で説明【令…
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源泉徴収票で見落としやすい控除ミスと対策

源泉徴収票を受け取ったら、まず自分が提出した申告書の内容と照らし合わせてください。人間が入力作業を行っているため、入力ミスが発生する可能性があります。
参考）【令和7年分以降】源泉徴収票の項目別書き方と注意点をわかりや…

特に初めて適用される控除は要注意です。例えば、今年初めて住宅ローン控除を受ける場合、摘要欄に「住宅借入金等特別控除の額」が記載されているか確認しましょう。記載がなければ、控除証明書を会社に提出し忘れているか、会社側の入力漏れの可能性があります。​
提出書類と突き合わせが基本です。
扶養親族の人数や所得要件も確認ポイントです。年度途中で子どもがアルバイトを始めて年収48万円を超えた場合、扶養控除の対象外になりますが、申告書に変更を届け出ていないと控除が適用されたままになります。​
控除漏れが判明した場合は、源泉徴収票の再発行を会社に依頼してください。誤った内容で確定申告をすると、還付金が少なくなったり、修正申告が必要になったりします。​
誤りを見つけたらすぐに会社の経理担当者に連絡し、正しい源泉徴収票を再発行してもらいましょう。訂正には時間がかかるため、確定申告の期限に間に合うよう早めの対応が必要です。​
国税庁の令和7年分年末調整Q&Aでは、年末調整に関するよくある質問と誤りやすい事項が解説されています

源泉徴収票を使った確定申告の具体的な手順

通関業務従事者で医療費控除や寄付金控除を受ける場合、源泉徴収票をもとに確定申告を行います。2019年4月以降、確定申告書への源泉徴収票の添付は不要になりましたが、申告書には源泉徴収票の内容を転記する必要があります。
参考）https://www.freee.co.jp/kb/kb-kakuteishinkoku/deduction-at-source/
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確定申告書の「収入金額等」欄には源泉徴収票の「支払金額」を、「所得金額等」欄には「給与所得控除後の金額」を記入します。源泉徴収票が複数ある場合は、それぞれの支払金額を合計し、給与所得控除後の金額は国税庁の計算表から該当額を探して記載します。
参考）源泉徴収票の内容を確定申告書に入力する方法を教えてください。…

添付不要でも内容は必要です。
「所得から差し引かれる金額」欄には、源泉徴収票の「所得控除の額の合計額」に、医療費控除や寄付金控除など年末調整で適用できなかった控除を追加します。医療費控除は年間10万円(または所得の5%)を超えた分が対象で、通関業務の夜勤による体調不良で医療機関を頻繁に受診した場合は控除額が大きくなる可能性があります。​
「税金の計算」欄には源泉徴収票の「源泉徴収税額」を記入し、追加控除による税額の再計算を行います。計算の結果、源泉徴収税額より納税額が少なければ還付、多ければ追加納税となります。​
確定申告は毎年2月16日から3月15日までの期間に行いますが、還付申告の場合は1月から受付可能です。e-Taxを利用すれば、源泉徴収票の内容を直接入力でき、計算も自動で行われるため便利です。​
国税庁のウェブサイトでは、確定申告書等作成コーナーで源泉徴収票の内容を入力し、自動計算で申告書を作成できます

源泉徴収票の2025年改正点と新様式の注意事項

2025年(令和7年)分の源泉徴収票は様式が大きく変更されました。特定親族特別控除の新設に伴い、控除額を記載する欄が追加されています。​
特定親族特別控除は、19歳以上23歳未満の扶養親族がいる場合に適用される新しい控除です。この控除により、対象親族1人につき25万円が追加で控除されます。源泉徴収票の摘要欄に控除対象者の氏名と控除額が記載されているか確認してください。
新控除で様式が変わりました。
扶養控除等申告書には「源泉控除対象親族」という新しい記載欄が追加され、19歳以上23歳未満の親族を記入することで、毎月の給与計算時に特定親族特別控除が反映されるようになっています。この申告を忘れると、月々の源泉徴収額が高くなり、年末調整での還付額が増える形になります。​
基礎控除額も改正され、年収200万円以下の場合は最大95万円、年収850万円超は58万円、年収2,350万円超は控除なしと所得段階制になりました。通関業務で給与が比較的低い場合は、基礩控除の拡充により税負担が軽減される可能性があります。​
給与所得控除の下限額も55万円に引き上げられており、年収162万5,000円以下の場合は一律55万円が控除されます。改正後の源泉徴収票は令和7年12月1日以後に支払う給与から使用されるため、2025年12月または2026年1月に受け取る源泉徴収票が新様式となります。
旧様式の源泉徴収票を使用すると、税務署への提出時に受理されない可能性があるため、必ず最新の様式を使用してください。会社の給与システムが改正に対応しているか、経理担当者に確認しておくと安心です。​

源泉徴収票紛失時の再発行手続きと代替手段

源泉徴収票を紛失した場合、勤務先に再発行を依頼できます。会社には源泉徴収票の交付義務があるため、再発行の依頼を断られることはありません。​
再発行の依頼は経理部門または総務部門に連絡し、「源泉徴収票を紛失したため再発行をお願いします」と伝えてください。通常は1週間程度で再発行されますが、年末調整の繁忙期や確定申告期間中は時間がかかる場合があります。
再発行は何度でも可能です。
退職した会社の源泉徴収票を紛失した場合も、退職後であれば前職の会社に連絡して再発行を依頼します。退職後1か月以内に源泉徴収票を交付する義務があるため、受け取っていない場合は早めに請求してください。
参考）💴【最終回】年末調整でよくあるミスとトラブル防止編 - 初心…
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前職の会社が倒産や廃業している場合は、最寄りの税務署に相談してください。給与明細や銀行の振込記録から支払金額を証明できれば、確定申告が可能な場合があります。
源泉徴収票の交付を依頼しても会社が対応しない場合は、税務署に「源泉徴収票不交付の届出書」を提出できます。この届出により、税務署から会社に行政指導が行われ、源泉徴収票の交付を促します。​
通関業務で派遣社員として複数の派遣先で勤務した場合、源泉徴収票は派遣元の会社から発行されます。派遣先ごとではなく、派遣元1社からまとめて発行されるため、紛失した場合は派遣元に再発行を依頼してください。

私が集めた情報を基に、通関業務従事者向けの「為替リスク オルカン」の記事を作成します。

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